En 1990, le Laboratoire de Surveillance de la Pollution, l'Observatoire de Météorologie et de Sismologie du C.S.M. furent pris en charge par le Service de l'Environnement du Gouvernement Princier. Ce transfert fut motivé par le haut degré de standardisation atteint par les techniques de surveillance de l'environnement. En particulier, le contrôle de la pollution avait quitté le domaine de la recherche pour entrer dans celui des techniques administratives attachées à la vérification des normes de qualité applicables en matière d'environnement.

La même année, la Principauté de Monaco adhérait à l'Accord Partiel Ouvert en matière de prévention, de protection et d'organisation des secours contre les risques naturels et technologiques majeurs (Accord EUR-OPA). Cet accord, adopté par une résolution du comité des ministres du Conseil de l'Europe, le 20 mars 1987, avait pour objectif principal de dynamiser la coopération entre les états membres, en faisant appel à toutes les ressources et connaissances actuelles, afin d'assurer, face aux risques majeurs, une prévention, une protection et une organisation des secours plus efficaces. L'accord est dit " ouvert " car tout État non membre du Conseil de l'Europe pouvait demander à y adhérer. Au moment de l'adhésion de la Principauté de Monaco à cet accord, huit centres participaient au réseau. Il s'agissait du Centre européen pour la médecine des catastrophes à Saint-Marin, du Centre Universitaire européen pour les biens culturels à Ravello (Italie), du Centre européen pour la prévention et la prévision des tremblements de terre à Athènes (Grèce), du Centre euro-méditerranéen sur la contamination marine accidentelle à La Valette (Malte), du Centre européen de formation sur les désastres naturels à Ankara (Turquie), du Centre européen sur les risques géo- et morphodynamiques de Strasbourg (France), du Centre européen de géodynamique et de sismologie (Luxembourg) et du Centre européen de recherche des techniques d'information du public en situation d'urgence à Madrid (Espagne). Suite à son adhésion à cet Accord, la Principauté de Monaco créait au sein du Centre Scientifique de Monaco, l'Observatoire Océanologique Européen (O.O.E.). Cet Observatoire recevait initialement pour mission de développer des recherches ayant pour objectifs la prévention des risques écologiques majeurs et la régénération des milieux dégradés. L'objectif proposé était alors d'étudier l'effet des modifications climatiques sur les écosystèmes coralliens. Ces derniers avaient été choisis en raison de i) leur rôle majeur dans le cycle global du carbone et du calcium à l'échelle planétaire, ii) leur sensibilité particulière aux changements climatiques qui se manifestait par le phénomène de blanchissement et qui pouvait constituer un signal précoce d'alerte.

Afin de développer ces recherches, le C.S.M. s'est doté, tout d'abord, d'une équipe de Physiologie et Biochimie qui a rapidement accueilli des étudiants en thèse de différentes nationalités. En 1993, une équipe d'Écophysiologie était également créée pour développer des recherches pluridisciplinaires de l'écosystème à la molécule. Celles-ci visaient à mieux comprendre les effets des perturbations climatiques sur les écosystèmes coralliens et à mettre au point des méthodes de détection des stress environnementaux.

De 1994 à 2001, suite à la prolifération en Méditerranée de l'algue tropicale Caulerpa taxifolia, une équipe d'Écologie expérimentale a été également créée à la demande du Gouvernement Princier.

Depuis octobre 2001, les activités liées à l'Accord Partiel Ouvert du Conseil de l'Europe sont passées sous la tutelle du Délégué Permanent de la Principauté de Monaco auprès des Organismes Internationaux. Les activités du CSM sont ainsi recentrées autour des mécanismes de la Biominéralisation et de la Symbiose Marines, avec pour principal objet d'étude les coraux constructeurs de récifs, le corail rouge de Méditerranée et les organismes apparentés.